NSA e CIA sono pronte a ricreare l'intersect, Chuck quindi presto non servirà più alle agenzie federali. Come ultima missione però, Chuck, insieme a Casey e Sarah, deve proprio recupare il componente che serve per attivare il nuovo intersect, rubato da Mister Colt. Dopo di che, a Chuck viene detto che potrà ritornare libero, mentre in realtà l'NSA vuole che Casey lo uccida. Ma una volta recuperato il componente questo si rivelerà un virus che distruggerà il nuovo intersect. Chuck quindi continuerà ad essere al servizio delle agenzie federali.